Enquanto o primeiro ano de The Leftovers foi inteiramente baseado no livro de Tom Perrotta, que permaneceu envolvido com a série, na segunda temporada Damon Lindelof e os demais roteiristas tiveram uma liberdade criativa muito maior para ditar os rumos da história. É perceptível que desta vez a atração tem mais a cara de Lindelof e guarda algumas semelhanças com Lost, o seu trabalho anterior.

A temporada começa com cenas do passado mostrando uma mulher desconhecida junto com um bebê. Instantes depois, agora no presente, somos apresentados a vários novos personagens. No início até parecia se tratar de uma série antológica, mas na reta final do episódio de estreia os rostos que já conhecemos começam a aparecer na história. Como o mistério esteve presente em The Leftovers desde a sua estreia, essa estranheza no contato inicial faz parte da proposta da produção. Os novos indivíduos são introduzidos de uma forma bem natural e passamos a conhecê-los melhor no decorrer dos dez capítulos.

Há um intervalo de aproximadamente um ano entre os acontecimentos da primeira e segunda temporada. Com boa parte dos personagens tentando um recomeço longe de Mapleton, a trama desta vez é quase inteiramente centrada na cidade de Jarden, no Texas. No dia 14 de outubro de 2011, quando 2% da população mundial desapareceu, nenhum sumiço foi registrado no município, razão pela qual a região ficou conhecida como Parque Nacional “Miracle” (“Milagre”, na tradução). Matt Jamison (Christopher Eccleston) e sua esposa, Mary (Janel Moloney), foram os primeiros a se mudarem para o local, graças a um trabalho missionário. Posteriormente, Nora Durst (Carrie Coon) compra uma casa em Jarden e passa a viver lá junto com Kevin (Justin Theroux), Jill (Margaret Qualley) e o bebê que foi encontrado na porta da casa de Kevin.

Ao chegar na nova residência, o policial e os demais são convidados para um churrasco de aniversário na casa da família Murphy, seus novos vizinhos. Lá, eles são recepcionados por John (Kevin Carroll), sua esposa, Erika (Regina King), e seus filhos, Evie (Jasmin Savoy Brown) e Michael (Jovan Adepo). Como os Murphy não possuem amigos, não havia ninguém de fora na confraternização. Quando Evie sofre uma espécie de paralisação em decorrência da epilepsia, a estranha comemoração acaba terminando antes do esperado. A filha de John ganha novamente atenção quando, misteriosamente, desaparece junto com duas amigas. O sumiço das garotas gera uma grande mobilização na população local, que sem muitas pistas tenta descobrir o que pode ter acontecido com elas.

Como não foi atingido pela partida repentina, o Parque Miracle chama a atenção de pessoas do mundo todo. Sendo amplamente visitado por turistas, as autoridades locais precisaram criar um rígido controle dos que entram e saem da região. Próximo a ponte de acesso, existe um acampamento onde estão aglomeradas várias pessoas que não conseguiram ter acesso ao Parque. Uma bandeira brasileira estendida em um dos trailers indica que ali existem compatriotas. Apesar de John dizer que milagres não acontecem em Miracle, Kevin e Matt testemunham eventos inexplicáveis, sobre os quais não darei maiores detalhes para não estragar a experiência de quem ainda não assistiu a temporada.

Kevin tinha esperanças que, ao abandonar Mapleton, Patti Levin (Ann Dowd) o deixaria em paz, o que não acontece. O policial ainda vê e conversa com a ex-líder dos Remanescentes Culpados (RC) e vive uma verdadeira provação para tentar se livrar dela, vide o incrível sétimo episódio. Kevin também continua sofrendo apagões e se metendo em situações inusitadas. Sua ex-mulher, Laurie (Amy Brenneman), abandonou o culto e, com sua experiência como terapeuta e o auxílio de seu filho Tom (Chris Zylka), tenta encorajar outras pessoas a fazer o mesmo. Os Remanescentes Culpados perderam muito espaço de tela, mas nem por isso deixaram de ser importantes para a trama: assim como na temporada passada, eles possuem uma grande importância no desfecho do segundo ano de The Leftovers.